福王寺は、和銅5年(712年)開基との言い伝えがあり、秋田県内でも有数の古刹であるとされている。
近世には矢島藩主生駒氏の祈願所として重要な位置を占めていた。
本堂右手に明和8年(1771年)建立の宝篋印塔(由利本荘市指定有形文化財)の銘からも明らかである。
当山派修験の祖「聖宝尊師」を創始として、当初、薬師如来像を祀っていたが、明治5年の神仏判然令以降は京都智積院の末寺智山派に属し、胎蔵界大日如来を本尊として祀っている。
鳥海山信仰の基、矢島修験十八坊の学頭として組織をまとめてきた修験寺院である。
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